Genomy roślinne. Wybrane metody poznania i analizy

Opis książki:

Od Autora

Wprowadzenie

1. Poznane genomy roślinne
1.1. Sekwencje kodujące w genomach roślin
1.1.1. Geny kodujące białka
1.1.2. Geny kodujące RNA
1.2. Sekwencje powtarzalne i transpozony

2. Strategie sekwencjonowania genomów roślinnych
2.1. Metoda oparta na mapach fizycznych i genetycznych genomu
2.2. Sekwencjonowanie losowych fragmentów genomu
2.3. Wybór reprezentatywnej puli sekwencji
2.4. Metoda filtrowania sekwencji genomowych
2.5. Znakowanie i sekwencjonowanie kodujących fragmentów genomu
2.6. Sekwencjonowanie produktów ekspresji genów

3. Strategie przechowywania informacji pochodzących z sekwencjonowania genomów roślinnych
3.1. Architektura systemu przechowywania danych (MOs DB)
3.2. Interfejs użytkownika

4. COBALT: zintegrowany system analiz sekwencji biologicznych
4.1. Architektura systemu
4.2. Składowanie danych w systemie COBALT
4.3. Poziom meta systemu analiz COBALT

5. Adnotacja sekwencji genomowej, analizy porównawcze i filogenetyczne: ryż (Oryza sativa) i kukurydza (Zea mays)
5.1. MAP: adnotacja sekwencji genomowych z ryżu i kukurydzy
5.2. Adnotacja i analiza porównawcza genów kodujących białka kinaz receptorowych RLK z ryżu i Arabidopsis
5.2.1. Wzrost liczby genów RLK w ryżu: adnotacja i analiza sekwencji
5.2.2. Ewolucja genomów: analiza duplikacji sekwencji
5.3. Adnotacja i analiza porównawcza genów kodujących białka zawierające domeny START w genomach ryżu i Arabidopsis
6. Analiza genomów "niedokończonych": kukurydza (Zea mays)
6.1. Jak należy sekwencjonować genom kukurydzy?
6.2. Sekwencjonowanie genomu kukurydzy
6.2.1. Określenie liczby sekwencji BES potrzebnych do analizy genomu kukurydzy
6.2.2. Sekwencjonowanie końców klonów BAC
6.2.3. Mapa fizyczna klonów BAC
6.3. Analiza genomu kukurydzy: zestawy kontrolne
6.4. Skład genomu kukurydzy
6.5. GFS: organizacja genomu kukurydzy
Zakończenie

Literatura

Książka "Genomy roślinne. Wybrane metody poznania i analizy" - Wojciech M. Karłowski - oprawa miękka - Wydawnictwo Naukowe UAM.